El bachillerato por ciclos es un programa establecido a partir de 1997, reglamentado por el Decreto 3011 del Ministerio de Educación Nacional. Su objetivo es permitir a jóvenes y adultos finalizar su ciclo de educación secundaria máximo en 3 años.

Es importante aclarar que este programa no es validación es bachillerato por ciclos, donde el ciclo III corresponde a los grados 6° y 7°, el ciclo IV corresponde a los grados 8° y 9°, el ciclo V corresponde al grado 10° y el ciclo VI corresponde al grado 11°.

En el colegio Cenanfo el estudiante se gradúa como bachiller académico y cumple con las mismas normas y parámetros del bachillerato convencional, es decir que deberá en el caso de los hombres definir su situación militar, e inscribirse y presentar en todos los casos las pruebas Saber 11º, anteriormente examen del ICFES.